Editorial Trotta inicia su actividad en octubre de 1990. Su propósito inicial fue atender un programa especializado en libros de ensayo, con un marcado carácter interdisciplinar. Posteriormente, su catálogo se fue abriendo a nuevas secciones orientadas hacia la literatura de creación y la poesía. 

Una sección de su catálogo está dedicada a reunir las obras completas de autores de alguna afinidad con nuestro proyecto: José Luis L. Aranguren, Paul Celan, Filón de Alejandría, Søren Kierkegaard, Carl Gustav Jung, Américo Castro, Ernesto Cardenal...

Las secciones dedicadas a derecho y ciencias sociales recogen textos en torno al constitucionalismo, derechos civiles, garantismo, filosofía del derecho. Representan esta sección autores, entre otros, como: Perfecto Andrés Ibáñez, Manuel Atienza, Norberto Bobbio, Juan-Ramón Capella, Luigi Ferrajoli, Hans Kelsen, Luis Prieto Sanchís, Boaventura de Sousa Santos… 

El apartado de filosofía presta especial atención a la teoría crítica de la cultura, la fenomenología y hermenéutica contemporáneas, la ética y la filosofía de la ciencia. Y se completa con una sección dedicada a «Clásicos de la Cultura». Algunos autores representativos: Hannah Arendt, Ernst Bloch, Jacques Derrida, Jürgen Habermas, Martin Heidegger, Paul Ricoeur, Ludwig Wittgenstein. Y, entre los clásicos: Al-Fârâbi, Ludwig Feuerbach, David Hume, Alexis de Tocqueville, Arthur Schopenhauer. 

En su sección dedicada a ciencias de las religiones es de resaltar la publicación de los Textos de Qumrán, de la Biblioteca de Textos Gnósticos y de literatura maniquea, así como distintas monografías sobre fenomenología y antropología de la religión y teología. Algunos autores: Dietrich Bonhoeffer, Manuel Fraijó, José Gómez Caffarena, Alamah Iqbal, Toshihiko Izutsu, Hans Küng, Juan Martín Velasco, Rudolf Otto, Gershom Scholem, Jon Sobrino, Juan J. Tamayo, Jacob Taubes, Paul Tillich, Andrés Torres Queiruga, Julio Trebolle, Simone Weil. Desde su comienzo, la editorial prestó un interés especial a atender la producción de autores y temas provenientes de América Latina, dedicando a ellos dos colecciones: «Enciclopedia IberoAmericana de Filosofía» e «Historia General de América Latina». Con autores como: Enrique Dussel, Osvaldo Guariglia, Luce López-Baralt, Luis Villoro.

Otras colecciones establecen vínculos con las culturas no occidentales: «Al-Andalus. Textos y estudios» y «Pliegos de Oriente». Algunos autores: Averroes, Maimónides, Akinari, Lao Tse. 

La colección «La Dicha de Enmudecer» recoge obras literarias de creación y estudios sobre teoría y crítica literaria.

Y la colección «Torre del Aire», que acoge a libros no urgentes ni excesivamente movilizadores, pero necesarios, que se resisten a convertirse en inexistentes. Y refrescan y mantienen vivas las palabras. 

A veces, los medios de comunicación y nuestros lectores se han manifestado generosamente sobre nuestra actividad («…el catálogo-milagro de Trotta…», «…esta es nuestra editorial», «esta idea de edición»). La editorial ha recibido también algunos reconocimientos públicos de nuestra propuesta editorial. En 1999 obtiene el Premio Nacional a la Mejor Labor Editorial Cultural, cuyo jurado valora su trayectoria y su dedicación a temas de alto valor cultural. En 2000 y 2005 se le concede el Premio Nacional de Edición Universitaria. En el año 2002 nuestra edición de las Obras completas de Paul Celan, cuya traducción llevó a cabo J. L. Reina Palazón, recibe el Premio Nacional de Traducción. Y en 2007, el Premio Panhispánico de Traducción Especializada por nuestra edición de El libro de las generalidades de la medicina de Averroes. 

En 1998 Trotta crea la Librería Internacional Pasajes, en Madrid, y en 2002 la librería Guadalquivir, en Buenos Aires.

Trotta forma parte del colectivo de editoriales independientes de Madrid que promueve la iniciativa de crear el «Rincón de la Bibliodiversidad», un espacio que las librerías asociadas destinan a exponer las novedades e informaciones de los editores vinculados al proyecto.