Protestante francés de orígenes humildes, se forma intelectualmente en Toulouse y Ginebra. De vuelta en Francia, se relaciona con los círculos eruditos de la capital y gana en 1675 la cátedra de filosofía de la Academia de Sedán. En 1681, tras el cierre de ésta por Luis XIV, quien considera a las academias reformadas francesas verdaderos focos de herejía, se refugia en Rotterdam, donde enseña historia y filosofía. Desde este momento puede consagrarse a la redacción de una obra marcada por la crítica de la superstición, un cierto escepticismo y la defensa de la tolerancia política y religiosa, estableciendo además una importante red epistolar y científica con la intelectualidad más notable de su tiempo. Los convulsos acontecimientos teológico-políticos que sacuden el final del siglo le llevan a tomar una posición abiertamente polémica y panfletaria que le enfrenta directamente con Pierre Jurieu, ministro de la Iglesia valona y valedor de Bayle en Sedán y Rotterdam. Como consecuencia de ello, queda apartado de toda función educativa. El librero Reinier Leers le ofrece entonces una pensión trimestral para que redacte su Diccionario histórico y crítico (1696, ²1702), monumental suma histórica, biográfica y filosófica de enorme difusión en la que su autor despliega un pensamiento crítico y preilustrado que hará de él una referencia fundamental durante todo el siglo XVIII.